Дата основания точно неизвестна, но деревня
Глубокое (ныне посёлок Глубоковский) отмечена на карте Лихвинского уезда 1874 года. Также есть упоминания о Пророко-Ильинской церкви постройки 1800 года некогда располагавшейся в деревне.
С открытием «Шахты № 4» для обеспечения низкосортным углём ГРЭС-19 в 1939 году, население деревни резко возросло и в 1948 деревня была переименована в «Рабочий посёлок Глубоковский». К 1970 году шахту закрыли, а население посёлка продолжало расти т. к. в округе успешно расширялись другие шахты да и на ГРЭС работы всегда хватало. В 1982 году закрыли последнюю из пяти шахт и население посёлка составляло более 1400 человек.
В начале 90х вообще пропала какая либо работа и жители стали разъезжаться.
В 2006 году посёлок Глубоковский вошёл в состав муниципального образования (городского поселения) «рабочий посёлок Агеево».
По данным на 2010 год в посёлке Глубоковский проживало 245 человек.
Сейчас посёлок представляет собой очень мрачное зрелище, которое отпугивает желающих купить (даже занять место) под дачу. От статуса «нежилой» спасает близость районного центра.